آفات بسیاری هستند که در مرکبات می توانن ایجاد خسارت کنند. یکی از آفاتی که در مرکبات بسیار شایع است، آفت شپشک مرکبات می باشد. شپشک مرکبات انواع مختلفی دارد که یکی از گونه های آن، شپشک آرالود است که در قسمت رگ برگ ها و انتهای دمبرگ تجمع یافته و به رنگ سفید می باشد. این آفت بیشتر در مناطق گرم و مرطوب فعالیت می کند و با تعذیه از برگ ها و شیره گیاهی می تواند موجب خسارت و آسیب به گیاهان شود. برای کنترل این آفت می توان از مخلوط روغن ولک (در زمان و دمای مناسب) + سم اتیون و یا پیری پروکسی فن استفاده کرد.

خروج شیره از درختان مرکبات یکی از شایع ترین مواردی است که باغداران با آن رو به رو هستند. خروج شیره از درختان می تواند باعث ضعف گیاه و در نهایت مرگ ذرخت شود چرا که خروج شیره هایی به رنگ کهربایی که به مرور سخت و سفت می شوند، نشان دهنده بیماری هستند و اغلب به بیماری شانکر باکتریایی در مرکبات دچار شدند که حتما باید در اولین فرصت آن را کنترل کرد. تقویت درختان با کودهای کشاورزی مناسب می تواند احتمال ابتلا به این بیماری ها را کاهش دهد.